[发明专利]水稻抗细条病基因BLS2的SNP标记定位及其应用

说明书

【技术领域】

本发明涉及分子生物学领域，特别涉及水稻抗细条病基因BLS2的SNP标记定位及其应用。

【背景技术】

细菌性条斑病(简称细条病)由病原菌Xanthomonas oryze pv.Oryzicola(Xoc)引起，是一种重要的水稻病害。该病害在爆发流行年份可导致水稻产量损失32％。栽培措施和农药使用是防治细条病的有效办法。但是，利用抗性资源培育抗性品种是防治该病害最为经济有效的办法。遗传分析表明存在主效基因和数量性状位点(Quantitativetraitlocus,QTL)等两种不同类型的抗性资源。目前关于抗细菌性条斑病主效基因分子标记应用研究尚很少见。

稻种中抗细条病资源较丰富，但多数抗源主要来自热带地区,且大都是一些古老的地方品种,农艺性状比较差,因此，单靠常规育种方法改良，周期长，资源利用效率低。此外，对抗源开发力度不足，也是造成抗细条病育种进展缓慢的原因之一。细条病抗源中，主效基因控制的抗性是一种重要的抗源类型。关于抗细条病主效基因的研究，大多集中在抗源筛选和抗性遗传分析等方面,而对抗病基因的分子遗传机理研究较少,特别是有关基因的定位等分子基础研究尚不深入。因此，加强抗细条病主效基因的发掘利用，从分子水平定位抗病主效基因，有助于利用分子标记辅助育种、转基因等分子生物技术来提高这一种重要资源的利用效率。

【发明内容】

本发明的发明目的在于：针对上述存在的问题，有必要提供水稻抗细条病基因BLS2的SNP标记定位及其应用，加强抗细条病主效基因的发掘利用，从分子水平定位抗病主效基因，有助于利用分子标记辅助育种、转基因等分子生物技术来提高这一种重要资源的利用效率。

为了实现上述目的，本发明采用的技术方案如下：

一种水稻抗细条病基因BLS2的单核苷酸多态性(SNP)标记定位，所述水稻抗细条病基因BLS2的序列如SEQ ID NO：1；所述水稻抗细条病基因BLS2经过单核苷酸多态性(SNP)标记定位该基因位于6号染色体上。

本发明还提供水稻抗细条病基因BLS2的SNP标记定位的具体步骤如下：

(1)多亲本高级世代互交系群体的构建：在构建群体前，对3个亲本进行抗性鉴定，结果为：普通野生稻CY1抗病、9311和998R感病；将感病品种9311作为母本，抗病普通野生稻CY1作为父本，杂种F1与感病998R杂交，F1连续10代自交，获得多亲本高级世代互交系S10；对多亲本高级世代互交系群体进行抗性鉴定，培育获得极端抗病单株、感病单株；

(2)基因组测序：将抗性鉴定获得的30个极端抗病单株，混合构建抗病池N915进行测序；获得30个极端感病单株，混合构建感病池N908进行测序；

(3)生物信息分析：将测序得到的序列与参考基因组序列进行比对，根据比对结果，计算出相对于参考基因组的测序深度和覆盖度，所测基因组的SNPs、InDels和结构变异SVs分别用SOAPsnp，SOAPindel和SOAPsv软件进行检测，在感病品种9311检测到5271个SNP，在感病品种998R检测到7150个SNP，在抗病普通野生稻CY1有11484个SNP，在感病池N908有137952个SNP，在抗病池N915有105475个SNP；

(4)亲本纯合差异SNP位点的筛选：分别使用标准分析结果中两个亲本CY1和9311、CY1和998R的一致性序列对CY1和9311、CY1和998R的SNP位点进行基因分型；

(5)根据筛选得到的在亲本间存在差异的纯合SNP位点的位置信息，对抗性池N915和感病池N908基因进行频率分析，得到与抗病基因有关的位点即可。

在本发明中，作为进一步说明，在步骤(5)中，所述得到与抗病基因有关的位点是染色体10号上有2个位点，染色体1号上有2个位点，染色体6号上有1个位点，其他染色体上没有位点。

在本发明中，作为进一步说明，以同一染色体位置的SNP在抗病亲本CY1和抗病池N915是一致的，该位置的SNP在感病品种9311、感病品种998R和感病池中是一致的，该位置的SNP在抗病亲本和抗病池与感病亲本和感病池间存在差异为判断依据，得到所述染色体1号的2个突变位点(差异SNP)所在的区域均不含有基因，所述染色体10号的2个位点突变(差异SNP)是无义突变，所述染色体6号的突变(差异SNP)发生在LOC_Os06g07600.1位点的5’端的非翻译区。