[发明专利]感染性戊型肝炎病毒基因型3的重组体

说明书

相关申请的交叉引用

本申请要求于2011年11月1日提交的美国临时申请第61/554,323号和于2011年1月10日提交的美国临时申请第61/431,377号的权益，所述申请各自在此通过引用并入本文用于所有目的。

对作为ASCII文本文件提交的序列表的参考

载入文件77867-827343_SEQLIST.TXT中的序列表，创建于2012年1月10日，其为62,887个字节，机器格式IBM-PC，MS-Windows操作系统，其全部内容通过引用并入本文中用于所有目的。

发明背景

由于在发展中国家引起急性肝炎的流行病和散发性病例，戊型肝炎病毒臭名昭著：实例包括，1956年新德里爆发期间出现了29300名病例以及在达尔富尔的国内难民营(Internally Displaced Persons Camp)6个月内报道了2621名病例，其中如已报道的(1)，孕妇具有26-31％的最高死亡率(2)。HEV是发展中国家成年人急性肝炎的最重要或第二重要的原因。但与近期的教条相反，该病毒并不局限于发展中国家，并且随着对感染传播潜能的认识以及针对该病毒进行的测试，散发性病例在工业化国家中正在越来越多的得到确认。

从历史上看，戊型肝炎被描述为经肠传播的，不会发展为慢性病的自身限制性肝炎(3)。然而，最近在欧洲鉴定出首例慢性戊型肝炎，并且慢性病自此被证明发生在免疫功能低下的实体器官移植接受者和HIV感染个体中(4,5,6,7)。虽然戊型肝炎感染通常会导致轻度至中度的疾病，但偶尔在急性病例中，在慢性感染患者以及尤其在患有慢性肝病或怀孕的那些患者中，引起暴发性肝功能衰竭(1,2,4,5,6,7,8)。此外，戊型肝炎一直被误诊为药物诱导的肝损伤，从而使药物试验或治疗方案复杂化(9)。自1983年发现以来，已记录的HEV传播几乎无一例外地与被污染的水联系在一起；在摄入未煮熟的鹿肉后，HEV感染的发现突然改变了(10,11)。戊型肝炎目前被认为不仅是发展中国家的水源性疾病，而且是工业化国家涌现的食源性疾病(11,12)。

HEV为具有7.2kb的基因组大小的小的非包膜、单链RNA病毒(3)。HEV的7.2kb基因组是具有三个重叠的阅读框(ORF)的单链的正义RNA。约前5kb用作ORF1多蛋白的mRNA；所述多蛋白是否经蛋白水解加工仍是未知的。ORF1包含编码甲基转移酶/尿苷转移酶、NTP酶/解旋酶、RNA依赖的RNA聚合酶和泛素化活性的区域。此外，ORF1编码Y区和X，或未知功能的大区以及位于ORF中间附近的高变区(HVR)。HVR的长度和序列在毒株和基因型之间不同：其耐受小的缺失，但复制水平在细胞培养物中严重被揭制。ORF2和ORF3从单一的双顺反子亚基因组RNA翻译，以分别产生660个氨基酸的衣壳蛋白和113-114个氨基酸的蛋白。所述ORF3蛋白对病毒颗粒从培养细胞中的有效释放是重要的，并为猕猴感染所必需的。

至目前为止，已识别了感染人的四种HEV基因型(17)。基因型1和2感染只在人中被鉴定，而基因型3和4的病毒已从除人之外的猪、鹿、猫鼬、牛和兔中分离出来(18)。基因型3和4在猪中广泛存在，并且未煮熟的猪肉可为动物源性人感染的主要来源(12，18)。然而，跨物种传播还未被广泛研究并且很可能存在另外的人畜共患性储库。

HEV感染长期被认为是持续2-7周的急性感染，并且不会发展成慢性病。然而，最近，慢性HEV感染已在免疫抑制的器官移植患者或艾滋病患者中被鉴定出来。更出乎意料的是，这些慢性病患者者中的一些已发展出神经系统症状并从脑脊液中分离出HEV。这些慢性病例已被鉴定为基因型3感染。

HEV通常在体内复制至低滴度，其极难在培养的细胞中生长，并且大部分病毒的生命周期是未知的。Okamoto及其同事们最近使基因型3和基因型4毒株适合在两种人细胞系，即A549肺细胞和PLC/PRF/5肝癌细胞中复制至高滴度(19,20)。

远未了解戊型肝炎的流行病学，特别是人畜共患方面需要进一步研究。因此，有必要开发可在细胞培养物中复制的HEV基因型毒株。另外，有开发HEV疫苗，例如，用于基因型3毒株的疫苗的必要。

本发明部分涉及分离自慢性感染患者的基因型3病毒的发现(5)，其适合在人肝癌细胞中生长，并用于鉴定允许HEV感染的一组人、猪和鹿细胞培养物。本发明另外涉及所述适应病毒的特征以鉴定提供在细胞培养物中复制能力的序列变化。

发明简述