[发明专利]利用小波变换分析核酸扩增曲线有效
| 申请号: | 200980119169.6 | 申请日: | 2009-04-24 |
| 公开(公告)号: | CN102046807A | 公开(公告)日: | 2011-05-04 |
| 发明(设计)人: | 彼得·D·陆德外斯 | 申请(专利权)人: | 3M创新有限公司 |
| 主分类号: | C12Q1/68 | 分类号: | C12Q1/68;G06F17/14;G06F19/00 |
| 代理公司: | 中原信达知识产权代理有限责任公司 11219 | 代理人: | 周亚荣;安翔 |
| 地址: | 美国明*** | 国省代码: | 美国;US |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 利用 变换 分析 核酸 扩增 曲线 | ||
1.一种方法,包括:
实施核酸样品的PCR分析,其中所述PCR分析包括多个PCR循环;
从所述PCR分析中获取扩增数据,所述扩增数据与所述多个PCR循环中的每一个当中存在的核酸量成正比;
对所述扩增数据应用小波变换以确定对应于所述扩增数据生长期内的点的PCR循环;以及
根据对应于所述扩增数据生长期内的点的所述PCR循环更新显示。
2.根据权利要求1所述的方法,其中应用小波变换包括:
由所述扩增数据生成扩增曲线,所述扩增曲线代表所述核酸样品的生长对PCR循环的关系;以及
对所述扩增曲线应用连续小波变换(CWT)以将所述扩增曲线分解成频率分量,同时沿所述扩增曲线对所述频率分量保持PCR循环定位。
3.根据权利要求1所述的方法,
其中所述扩增数据代表所述核酸样品随时间推移的生长,且
其中应用小波变换包括对所述扩增数据应用离散小波变换(DWT),从而将所述扩增数据分解成频率分量,同时相对于时间对所述频率分量保持PCR循环定位。
4.根据权利要求1所述的方法,其中对应于所述扩增数据生长期内的点的所述PCR循环包括PCR循环的一部分。
5.根据权利要求1所述的方法,其中对应于所述扩增数据生长期内的点的所述PCR循环被称为Tmax值。
6.根据权利要求1所述的方法,其中对应于所述扩增数据生长期内的点的所述PCR循环对应于所述生长期的大致开始。
7.根据权利要求1所述的方法,其中更新显示包括根据对应于所述扩增数据生长期内的点的所述PCR循环显示信息。
8.根据权利要求5所述的方法,其中更新显示包括显示所述Tmax值。
9.根据权利要求5所述的方法,其中所述核酸样品包含已知的初始核酸浓度。
10.根据权利要求9所述的方法,其中更新显示包括在包含所述Tmax值对所述初始核酸浓度的对数的关系的图上显示所述Tmax值。
11.根据权利要求10所述的方法,还包括:
对各包含已知初始核酸浓度的多个核酸样品的每一个重复进行权利要求1的方法。
12.根据权利要求11所述的方法,其中所述图还包含利用线性回归针对所述多个样品的每一个进行的对所述Tmax值对所述初始核酸浓度的对数的关系的标准曲线拟合。
13.根据权利要求12所述的方法,还包括:
对包含未知初始核酸浓度的核酸样品重复进行权利要求1的方法。
14.根据权利要求13所述的方法,其中更新显示包括在所述图上显示包含未知初始核酸浓度的所述核酸样品的Tmax值。
15.根据权利要求14所述的方法,还包括:
根据包含未知初始核酸浓度的所述核酸样品的Tmax值和所述标准曲线确定包含未知初始核酸浓度的所述核酸样品中的核酸初始量。
16.根据权利要求5所述的方法,其中所述核酸样品包含未知的初始核酸浓度。
17.根据权利要求16所述的方法,还包括:
根据所述Tmax值和标准曲线确定所述核酸样品的初始浓度。
18.根据权利要求5所述的方法,其中对所述扩增数据应用小波变换包括生成多个频率部分,其中所述多个频率部分的每一个包括多个时间平移值,且其中每个时间平移值包括小波变换幅值。
19.根据权利要求18所述的方法,其中对所述扩增数据应用小波变换包括根据所述多个时间平移值中的至少一个的小波变换幅值确定所述Tmax值。
20.根据权利要求1所述的方法,其中对所述扩增数据应用小波变换包括在小波变换中对所述扩增数据应用Haar小波。
21.根据权利要求1所述的方法,其中对所述扩增数据应用小波变换包括选择小波。
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